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COVID-19 : Comment le variant Omicron a été détecté en Afrique du Sud

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jeu 09/12/2021 - 21:20
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Début novembre, un laboratoire de Johannesburg détecte quelque chose de « différent » dans certains tests de dépistage au Covid-19. S’ensuit un long travail pour identifier de quoi il s’agit. Les scientifiques découvrent ainsi un nouveau variant, nommé plus tard « Omicron » par l’OMS.

Impossible d’entrer, haut risque de contagion : c’est dans ce laboratoire de Johannesburg, qui analyse quelque 18 000 tests PCR par jour, qu’a été détecté le premier cas d’Omicron. Peu après, l’alerte a été donnée dans le monde, déclenchant un vent de panique.

En blouse blanche et masque, Eftyxia Vardas est à la tête d’une armée de laborantins, biochimistes et confrères virologues dans l’une des plus grandes structures des laboratoires privés Lancet.

Cette virologue clinicienne réputée, qui a travaillé ces vingt dernières années sur les épidémies de tuberculose et de sida, est la première à avoir conclu avec son équipe à l’existence d’un nouveau variant de Covid-19. Tout est parti de quelques tests PCR…

Début novembre, 22 tests positifs venus pour la plupart de la capitale Pretoria sont au centre de toutes les conversations dans le laboratoire, car ce qu’ils montrent est très inhabituel.

Les tests PCR les plus largement utilisés pour détecter les cas de coronavirus ciblent trois gènes. Or, il y a un mois, les scientifiques se rendent compte, à leur grande surprise, que l’un des trois, le gène S, n’est plus détecté dans les résultats positifs.

« Nous nous sommes rendus compte que quelque chose était différent dans nos tests PCR », explique le Dr. Vardas, en griffonnant des courbes sur un bloc-notes. « Nous n’étions pas entièrement sûrs de ce que c’était, si c’était un variant déjà existant ou quelque chose de nouveau », raconte-t-elle.

Il existait à ce moment-là quatre variants préoccupants : Delta, qui représentait jusqu’ici la quasi-totalité des cas séquencés dans le monde, Alpha, Bêta et Gamma.

L’équipe de scientifiques tâche alors de ne pas s’emballer. Il leur faut environ une semaine pour accumuler un nombre suffisant d’échantillons présentant l’anomalie. Et une autre semaine, pendant laquelle le laboratoire tourne nuit et jour, pour faire le séquençage, un processus long et coûteux, qui permet de décrypter le génome du virus présent dans l’organisme.

« Là, nous avons eu la confirmation que quelque chose était en train de se produire », affirme Eftyxia Vardas. « Il s’est avéré que c’était un virus complètement différent. Voilà comment a été découvert Omicron », dit la scientifique, sans joie aucune.

Convaincue qu’un nouveau variant jusqu’alors inconnu est à l’origine du pic de contaminations constaté depuis plusieurs semaines en Afrique du Sud, elle envoie les résultats et les échantillons aux autorités sanitaires.

L’Afrique du Sud est officiellement le pays africain le plus touché par le virus. Le pays connaît une hausse exponentielle des cas et compte plus de trois millions de contaminations dont 90 000 morts.

Omicron.Omicron

L’Institut national des maladies transmissibles (NICD), infrastructure publique de bio-sécurité et le KRISP, plateforme d’innovation à la pointe de la recherche sur les génomes, se mettent alors à plancher sur le phénomène. Ils identifient qu’une nouvelle forme du Covid-19, présentant un nombre inhabituel de mutations et de nombreuses inconnues, a détrôné Delta.

Le 25 novembre, le virologue devenu célèbre pour avoir repéré Bêta un an plus tôt, Tulio de Oliveira, confirme lors d’une conférence de presse la détection d’un nouveau variant en Afrique du Sud. L’Organisation mondiale de la santé le baptise Omicron.

Une nouvelle vague de la pandémie, qui a tué plus de 5,2 millions de personnes à ce jour depuis son apparition, il y a deux ans, à Wuhan, en Chine, est annoncée. En quelques heures, les fols sont suspendus, le monde ferme ses portes à l’Afrique australe.

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